Nhu cầu tiêu thụ yến sào rất lớn dẫn đến tình trạng pha trộn và làm giả yến sào ngày càng phổ biến. Những người làm giả yến sào thường pha trộn thêm các tạp chất như da cá, nấm, tảo,… để tăng trọng lượng, hay sử dụng các loại thuốc nhuộm tự nhiên như karayagum, tảo đỏ hoặc nấm Tremella để nhuộm đỏ các loại yến sào màu trắng nhằm làm giả loại yến sào có giá rất cao là Yến Huyết. Nhiều quy trình sản xuất yến sào có bổ sung các chất bảo quản như axit boric, kali sulfite dioxide lưu huỳnh, sử dụng hydrogen peroxit để tẩy trắng yến. Đường, muối, và bột ngọt được thêm vào để tạo hương vị. Gluten, nấm trắng, thạch, da động vật và cao su tổng hợp thường được sử dụng để tạo hình dạng yến sào. Do đó các thương hiệu yến có uy tín thường phải kiểm định chất lượng của tổ yến thô trước khi đem chế biến thành phẩm. Một phương pháp đơn giản là đo quang phổ hồng ngoại chuyển đổi chuỗi Fourier (FTIR – Fourier Transform Infrared). Phổ IR xác định các liên kết cộng hóa trị hóa học, tạo ra một "dấu vân tay" phân tử của các hợp chất hóa học. Dấu vân tay này có thể được sử dụng để xác định và định lượng chất hóa học có trong một mẫu. Sự khác biệt trên phổ đồ IR giúp ta phân biệt yến sào nguyên chất và yến sào đã bị pha trộn.

Ngoài ra còn một phương pháp khác là thủy phân protein trong yến sào và xác định hàm lượng axit amin rồi đối chiếu với một mẫu yến sào nguyên chất.